Kasus Wasior terjadi pada 13 Juni 2001. Aparat Brimob Polda Papua menyerbu Desa Wonoboi, Wasior, Manokwari, Papua akibat terbunuhnya 5 anggota Brimob dan seorang warga sipil di PT Vatika Papuana Perkasa. Dalam peristiwa itu tercatat empat orang tewas, satu orang mengalami kekerasan seksual, lima orang hilang, dan 39 orang disiksa.
Kasus Wamena terjadi pada 4 April 2003 saat warga Papua sedang merayakan Paskah. Aparat melakukan penyisiran karena sebelumnya sekelompok masa tak dikenal membobol gudang senjata Markas Kodim 1702/Wamena. Saat penyerangan itu, dua anggota Kodim tewas. Dalam penyisiran ke 25 kampung, dilaporkan 9 orang tewas dan 38 orang luka berat.
9. Peristiwa Paniai 2004
Warga Paniai ditembak aparat gabungan TNI dan Polri kala memprotes pemukulan yang diduga dilakukan aparat militer terhadap dua anak. Empat orang tewas ditempat, 13 orang terluka dilarikan ke rumah sakit.***