Laporan Komnas HAM menyatakan, terjadi kekerasan seksual, penyiksaan, pembunuhan, perampasan kemerdekaan atau perampasan kebebasan fisik lain secara sewenang-wenang dan penghilangan orang secara paksa.
4. Penghilangan Orang secara Paksa 1997-1998
Sejumlah mahasiswa dan aktivis dari berbagai organisasi hilang setelah menunjukkan sikap kritis terhadap rezim Orde Baru. Kejahatan penghilangan paksa adalah sebuah alat teror negara melalui aparatur keamanan dan dilakukan di luar proses hukum.
5. Kerusuhan Mei 1998
Kerusuhan ini diawali oleh krisis finansial Asia dan dipicu tragedi Trisakti yang menewaskan empat mahasiswa Universitas Trisakti dalam demonstrasi 12 Mei 1998. Akibat peristiwa ini, Soeharto turun dari jabatannya sebagai presiden.
Sepanjang kerusuhan yang terjadi pada 13-15 Mei 1998 di Jakarta, Medan, dan Surakarta, terjadi penjarahan, penghancuran toko dan rumah, penganiayaan, pembunuhan, dan kekerasan seksual. Aparat keamanan mencoba mengendalikan keamanan dengan kekerasan. Para perusuh dihalau dengan rentetan senjata.
6. Peristiwa Trisakti, Semanggi I dan Semanggi II 1998 & 1999
Tragedi Trisakti 12 Mei 1998 adalah peristiwa penembakan terhadap empat mahasiswa Trisakti saat demonstrasi menuntut Soeharto turun dari jabatannya.
Peristiwa Semanggi I pada 11-13 November 1998 menewaskan 17 warga sipil dan melukai setidaknya 109 orang. Saat itu, masyarakat berdemonstrasi bersama mahasiswa di Jakarta dan kota-kota besar lainnya pada momen Sidang Istimewa untuk mendesak penghapusan dwifungsi ABRI dan pembersihan pemerintahan dari orang-orang Orde Baru.
Peristiwa Semanggi II pada 24 September 1999 menewaskan 11 orang mahasiswa dan melukai 217 orang. Saat itu, mahasiswa memprotes pengesahan Undang-Undang Penanggulangan Keadaan Bahaya yang dianggap memberi keleluasaan kepada tentara, yang diduga telah banyak melanggar HAM, untuk mengamankan negara dengan pendekatan militer.
Berkas penyelidikan tiga kasus ini dijadikan satu oleh Komnas HAM. Ketiga tragedi dianggap bertautan satu sama lain dalam konteks kebijakan pemerintah menghadapi gelombang demonstrasi menuntut Reformasi.
Ada bukti awal yang cukup untuk menyatakan tiga kasus ini adalah pelanggaran HAM berat: terjadi pembunuhan, penganiayaan, penghilangan paksa, perampasan kemerdekaan dan kebebasan fisik secara terencana, sistematis, dan meluas.
7. Peristiwa Simpang KKA 1999
Peristiwa Simpang KKA terjadi pada 3 Mei 1999 di Kecamatan Dewantara, Kabupaten Aceh Utara. Pasukan militer menembaki kerumunan warga yang berunjuk rasa memprotes insiden penganiayaan warga yang terjadi pada 30 April di Cot Murong, Lhokseumawe.
Penduduk sipil yang menjadi korban pembunuhan akibat diduga ditembak aparat militer setidaknya 23 orang. Setidaknya 30 warga sipil juga jadi korban penyiksaan oleh aparat.
8. Peristiwa Wasior 2001 dan Wamena 2003