Setelah berpisah dengan Soekarno, Fatmawati tetap berkiprah bagi pengembangan dakwah Muhammadiyah hingga akhir hayatnya.
Pada 4 November 2000 Presiden Republik Indonesia Abdurrahman Wahid melalui Keppres Nomor 118/TK/2000 menetapkan Fatmawati sebagai Pahlawan Nasional.***