Pada masa itu, berlaku demokrasi parlementer, partai-partai politik saling bertikai untuk memperjuangkan kepentingannya masing-masing.
Kondisi ini memuncak pada tahun 1965 saat meletus peristiwa G30S/PKI, sehingga pembangunan masjid terhenti sama sekali. Setelah situasi politik mereda, pada tahun 1966, Menteri Agama KH. Muhammad Dahlan mempelopori kembali pembangunan masjid ini.
Saat itulah kepengurusan dipegang oleh KH. Idham Chalid yang bertindak sebagai Koordinator Panitia Nasional Pembangunan Masjid Istiqlal.***